自动化专业可以追溯到成立于1980年的合肥联合大学设立的电力系统及其自动化专业，2011年入选教育部“卓越工程师教育培养计划”试点专业；2013年入选安徽省“专业综合试点专业”；是中德合作共建专业。
创新应用型人才培养:该专业配套的实验室有：微机原理实验室、自动控制原理实验室、系统仿真实验室、电机与拖动实验室、电力电子技术实验室、PLC实验室、电气控制技术实验室、运动控制实验室、检测与仪表实验室、过程控制实验室、数字信号处理实验室、电子测量实验室、DSP技术实验室以及GE.Fanuc自动化系统应用实训中心、PCB制版与检测中心、SMT工程实训中心，设备仪器总价值约3000万元，实验室面积2000多平米；此外，建有合肥学院建筑光伏系统应用工程技术中心以及合肥学院-惠而浦（中国）、合肥学院-合肥安达两个省级校企合作时间教育、学生暑期社会实践活动等。
创新应用型人才培养:自2005年以来，在历届全国大学生电子设计竞赛、全国大学生飞思卡尔智能车大赛、挑战杯全国大学生课外学术作品竞赛、全国大学生西门子杯工业自动化挑战赛、全国大学生电子信息类实践创新作品评选、安徽省大学生工程训练综合能力竞赛等一系列专业竞赛中，获全国特等1项、一等7项、二等21项、三等15项，华东及省级以上各类项近300项。
本专业先后培养出合格人才2400余人，这些毕业生在各自的工作岗位均做出了优良的成绩，收到用人单位好评，社会对本专业毕业生比较一致的评价为“基础扎实、业务能力强、能吃苦耐劳”。历年来，新生第一志愿的报考率均保持在100%，毕业生就业率持续保持在97%以上。同时每年均有近15%的毕业生分别考取及中国多所高校的研究生继续深造。
主要课程（模块）：大学英语、大学物理、工程应用数学、电子技术基础系列、机械工程基础、计算机技术系列、控制理论与仿真、计算机控制技术、控制工程与仿真、传感器与检测技术、微处理器技术、功率变换技术、电机与控制系统和电气应用技术、工业自动化技术、嵌入式应用技术等专业方向模块等。实践环节包括各课程模块实验、金工实习、电工电子综合实训、认知实习、毕业实习、毕业设计等。
就业方向：毕业生可在研究设计院（所）、企事业单位从事自动化系统或产品的分析、设计、运行、、管理或营销等工作，或攻读硕士研究生等。
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