与前两次经济普查相比，第三次全国经济普查最突出的特点和创新是充分运用现代信息技术，全面采用手持电子终端设备（PDA）和电子地图，实现普查数据的采集、报送、处理等手段的信息化、自动化、电子化。从划分普查区、绘制普查区地图，到入户登记、数据传输、审核验收、处理汇总和发布，第三次全国经济普查各环节基本上做到了无纸化。由于使用PDA，登记、录入一次完成，大大提高了普查工作的质量和效率。因此，第三次全国经济普查的发布可以显著提前，普查数据的时效性大大提高。与前两次经济普查相比，第三次全国经济普查最突出的特点和创新是充分运用现代信息技术，全面采用手持电子终端设备（PDA）和电子地图，实现普查数据的采集、报送、处理等手段的信息化、自动化、电子化。从划分普查区、绘制普查区地图，到入户登记、数据传输、审核验收、处理汇总和发布，第三次全国经济普查各环节基本上做到了无纸化。由于使用PDA，登记、录入一次完成，大大提高了普查工作的质量和效率。因此，第三次全国经济普查的发布可以显著提前，普查数据的时效性大大提高。
在完成经济普查基本内容的前提下，第三次全国经济普查还根据当前各级党委的工作重点，查实服务业、战略性新兴产业、文化产业和小微企业的发展状况，充分体现了当前各级党委的工作重点，与实施监测“十二五规划”密切相关，时代特征明显。这也是第三次全国经济普查有别于前两次普查的一个重要方面。
从2014年1月1日起，第三次全国经济普查进入现场登记阶段。普查登记过程中，普查员将对所有普查对象（除军队、系统和保密单位外）使用手持电子终端设备进行定位、相关证照拍照和普查数据、信息采集。具体操作分三步走：第一步，导入普查区电子地图和普查单位底册等信息。第二步，建筑物定位。普查员到达调查现场，使用PDA通过GPS对建筑物进行定位，填写建筑物名称和详细地址信息。第三步，入户调查。入户后，调查员查看被调查对象的工商营业执照（或编制、民政部门的审批登记证书）、税务登记证、组织机构代码证（以下简称“三证”），利用PDA对“三证”进行拍照，并判断被调查对象类型填报相应普查表。对于联网直报单位，将按登录国家统计联网直报平台填报普查表；对于非联网直报单位和个体经营户，将由普查人员通过PDA采集普查数据。
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